SARI数据分析(0)
貌似最近只有待在家里了, 看着漫天飞舞的官方消息、民间消息. 突然有个想法, 不知道是否可以根据现有的SARI数据外推一下, 看看到底疫情能够持续多久, 高峰大概何时, 以决定何时能够自由外出就餐和游玩之类.
万事开头, 先查文献:
这一篇文献回顾了研究SARS和MERS的流行病学模型:
Epidemic Models of Contact Tracing: Systematic Review of Transmission Studies of Severe Acute Respiratory Syndrome and Middle East Respiratory Syndrome, 全文
里面列出了7个模型:
- Peak C.M., Childs L.M., Grad Y.H., Buckee C.O. Comparing nonpharmaceutical interventions for containing emerging epidemics. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114:4023–4028. 全文
- Feng Z., Yang Y., Xu D., Zhang P., McCauley M.M. Timely identification of optimal control strategies for emerging infectious diseases. J Theor Biol. 2009;259:165–171. 全文
- Klinkenberg D., Fraser C., Heesterbeek H. The effectiveness of contact tracing in emerging epidemics. PLoS One. 2006;1:e12. 全文
- Chen S.C., Chang C.F., Liao C.M. Predictive models of control strategies involved in containing indoor airborne infections. Indoor Air. 2006;16:469–481. 全文
- Fraser C., Riley S., Anderson R.M., Ferguson N.M. Factors that make an infectious disease outbreak controllable. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004;101:6146–6151. 全文
- Lloyd-Smith J.O., Galvani A.P., Getz W.M. Curtailing transmission of severe acute respiratory syndrome within a community and its hospital. Proc Biol Sci. 2003;270:1979–1989. 全文
- Becker N.G., Glass K., Li Z., Aldis G.K. Controlling emerging infectious diseases like SARS. Math Biosci. 2005;193:205–221. 全文
研究的特点概述:
| 作者 | Lloyd Smith et al. | Fraser et al. | Becker et al. | Chen et al. | Klinkenberg et al. | Feng et al. | Peak et al. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 年份 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2006 | 2009 | 2017 |
| 模型 | 基于人口的随机 SEIR 区间模型 | 基于 Agent 的离散时间仿真模型 | 基于 Agent 的分支过程与家庭层传递模型 | 基于人口的: 基于 Von Foerster 方程的控制模型 | 基于 Agent 的离散时间仿真模型 | 基于人口: SEIR 区域模型 | 基于 Agent 的 SEIR 区域分支模型 |
| 研究的 Co-V | SARS | SARS | SARS | SARS | SARS | SARS | MERS |
| 自我报告的局限性 | 1. 模型中没有考虑超级扩散事件, 2. 模型中没有考虑医院中的非感染病人 | 由于未能通过接触追踪确定疾病发生之间的相关结构，导致接触追踪效力的过高估计 | 未考虑不同干预措施对感染动态的影响 | 模型没有考虑传播异质性，如不同的社会接触混合等 | 1. 模型在追踪或隔离之前只考虑传播, 2. 这种模式没有将医院和社区的环境结合起来 | 1. 将就诊率与诊断概率相结合,2. 被隔离的个体被假定在整个潜伏期的一半时间。 | 研究重点关注疫情的早期阶段。 |
立个Flag,
接下来我将试着研读这些文献, 重现其中的模型, 并按照新公布的数据进行参数估计和外推. 本人并非公共卫生专业, 数学也一般, 仅供自娱自乐. 完成不了, 就算了.